Pravilno shranjevanje embaliranih lesnih peletov je ključno za ohranjanje kakovosti in tehničnih lastnosti peletov.
Pelete je treba skladiščiti tako, da bodo na suhem, v prostoru, kjer ni plesni in čezmerne vlage.
Med priporočili za shranjevanje peletov strokovnjaki tudi svetujejo, da je varneje pelete v embalaži shranjevati na paleti in ne na tleh, da ne pridejo v stik z vodo. V kleteh pelet ne shranjujte neposredno ob steni, da tako preprečite stik peletov z morebitno vlago, ki bi se lahko prenesla nanje. Pozorni bodite, da embalaža ni poškodovana, saj predstavlja pomembno zaščito peletov.
Stik z vodo in vlago pelete razmoči, s tem izgubijo svojo čvrstost in tehnične značilnosti, ki jih imajo neoporečni peleti. Zato proizvajalci odsvetujejo shranjevanje vreč peletov na prostem, v takih primerih tudi ne prevzemajo odgovornosti za kakovost energenta in odstopanje od tehničnih specifikacij.